Nel 1604, durante la sua visita pastorale, il cardinale Federico Borromeo esortò la confraternita dei Disciplini a riedificare la vecchia chiesa dedicata a S. Bernardino da Siena

Nel Settecento la chiesa era cadente e quindi fu abbattuta per edificarne una nuova, su progetto dell’architetto Francesco Croce.

Il complesso monumentale di Santa Maria Nuova, costituito dalla chiesa con il bel quadriportico rinascimentale e il pronao, rappresenta una delle testimonianze storico-artistiche più significative e interessanti di Abbiategrasso.

Era la più antica chiesa all’interno delle mura e sorgeva presso il primitivo castello (l’attuale fu invece edificato nel Duecento).